国保連合会は保険医療機関等から提出される国民健康保険及び後期高齢者医療制度に係る医療費の明細書（レセプト）の内容が適正かを審査した後、内容が適正なレセプトについては市町村・国保組合等に診療報酬等を請求し、保険医療機関等に支払っています。国保連合会は年間約10億件のレセプトを審査し、日本の医療費約47.3兆円のうち約６割を占める国民健康保険及び後期高齢者医療分の約29兆円を取り扱っています（令和５年度）。また、医療費の審査支払以外に介護保険制度、障害者総合支援制度に基づく明細書の審査支払業務も行っています。
国保連合会が適切に審査支払の事務を行うことで、住民はいつでもどこでも安心して医療サービス等を受けることができます。また、決められた日程に従って審査支払を行い、定期的に診療報酬等を支払うことで、保険医療機関等の経営の安定に貢献しています。
さらに、保険者等が行うべき事務（被保険者の資格確認、医療費通知の作成等）を共同で行うことにより効率化を図っています。
国保連合会の主な業務
| 国民健康保険 | 後期高齢者医療・介護保険・障害者総合支援等 | |
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| 審査支払業務 |
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| 保険者事務の共同事業 |
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後期高齢者医療
介護保険
障害者総合支援
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